Σε αντίθεση με τα περισσότερα άτομα, ο άνθρωπος με δυσφορία φύλου που αναζητά θεραπεία συχνά επιδιώκει να παρουσιάζεται ως ψυχολογικά υγιής με σκοπό να αποκτήσει έγκριση για χειρουργική και/ή ορμονική θεραπεία. Είναι, επομένως, καθήκον του/της σεξολόγου να αξιολογήσει το βαθμό ψυχολογικής δυσφορίας του ατόμου, όσον αφορά τόσο τη δυσφορία φύλου όσο και τη γενικότερη ζωή του.
Για να δημιουργηθεί μια παραγωγική κλινική συμμαχία, ο/η σεξολόγος χρειάζεται να διασαφηνίσει στον πελάτη το ρόλο του/της από την αρχή. Αυτό μπορεί να γίνει αναγνωρίζοντας τη διπλή φύση του ρόλου του/της: Nα προσπαθήσει να βοηθήσει τον πελάτη να επιλύσει τη δυσφορία του, καθώς και να βοηθήσει στην αξιολόγηση της καταλληλότητας των ιατρικών παρεμβάσεων. Σήμερα, οι περισσότεροι σεξολόγοι που ασχολούνται με άτομα με δυσφορία φύλου πιστεύουν ότι είναι δικαίωμα του πελάτη να επιλύσει το δίλημμα του φύλου χωρίς επιρροή από το/τη σεξολόγο, που λειτουργεί ως σύμβουλος με εξειδικευμένη γνώση στη δυσφορία φύλου. Οι σεξολόγοι οφείλουν να παρέχουν προσεκτική αξιολόγηση και συστάσεις ως προς το τι πιστεύουν θα είναι πιο ωφέλιμο για τον πελάτη στο να αντιμετωπίσει τη δυσφορία φύλου και οποιαδήποτε άλλα ψυχολογικά θέματα μπορεί να υπάρχουν. Οι σεξολόγοι οφείλουν επίσης να περιγράψουν την ευθύνη τους να κρίνουν την καταλληλότητα των ατόμων για ορμονική ή χειρουργική παρέμβαση, η οποία μπορεί να περιλαμβάνει άρνηση να γράψουν επιστολή έγκρισης για θεραπεία αλλαγής φύλου.
Πολλοί συχνά τα άτομα ενοχλούνται από τη σύσταση να επιδοθούν σε θεραπεία πριν ξεκινήσει οποιαδήποτε ιατρική παρέμβαση. Μπορεί αρχικά να θυμώσουν, από αυτό που βλέπουν ως περιττό εμπόδιο προς τον επιθυμητό τους στόχο (μια γρήγορη αλλαγή φύλου). Στις περισσότερες περιπτώσεις, ωστόσο, μια υποστηρικτική στάση και αναφορά στο Πρωτόκολλο για τη Φροντίδα των ατόμων με δυσφορία φύλου θα επιτρέψει στον πελάτη να αποδεχτεί τις συστάσεις και να χρησιμοποιήσει τη θεραπεία παραγωγικά. Σε λίγες περιπτώσεις, ακόμα και μετά από μια περίοδο ψυχολογικής θεραπείας, ο θεραπευτής μπορεί να αισθάνεται ότι ο ασθενής είναι υπερβολικά ασταθής ή μπερδεμένος για να προχωρήσει σε ιατρική θεραπεία. Ενώ αυτή η κατάσταση είναι δύσκολη και για το/τη σεξολόγο και για τον πελάτη, πρέπει να γίνει αποδεκτή ως μέρος της ευθύνης των ειδικών που ασχολούνται με άτομα με δυσφορία φύλου.
