Μια πιθανή λύση για τη δυσφορία φύλου είναι η πλήρης μετάβαση στο επιθυμητό φύλο. Σύμφωνα με το Πρωτόκολλο Φροντίδας του Διεθνούς Συνδέσμου για τη Δυσφορία Φύλου του Harry Benjamin , η διαδικασία που πρέπει να ακολουθηθεί είναι η εξής: Το πρώτο βήμα στη διαδικασία αλλαγής φύλου είναι εκτεταμένες συνεντεύξεις και ψυχολογική αξιολόγηση από κατάλληλα εκπαιδευμένο ψυχοθεραπευτή/σεξολόγο –ειδικευμένο στη δυσφορία φύλου- ώστε να ερευνηθούν πλήρως τα κίνητρα της επιθυμίας για αλλαγή. Ερευνούνται τόσο η φυλετική δυσφορία όσο και η ψυχική υγεία γενικότερα. Αν χρειάζεται, γίνεται κατάλληλη ψυχολογική θεραπεία. Άτομα τα οποία φαίνεται ότι δεν έχουν ξεκάθαρα διαμορφωμένη φυλετική ταυτότητα ή νιώθουν μπερδεμένα αποκλείονται από τη χειρουργική επέμβαση.
Για τα άτομα που όντως φαίνεται ότι η φυλετική τους ταυτότητα βρίσκεται σε σύγκρουση με τη βιολογική τους ταυτότητα, το επόμενο βήμα είναι η χορήγηση ορμονών και η υιοθέτηση του τρόπου ζωής που ταιριάζει με τη φυλετική τους ταυτότητα (συμπεριφορά, τρόπος ντυσίματος κλπ.) για τουλάχιστον ένα χρόνο. Αυτή η εμπειρία είναι το πιο ουσιαστικό βήμα στη διαδικασία αλλαγής φύλου. Το άτομο ζει και εργάζεται όλο τον καιρό στο ρόλο του επιθυμητού φύλου, και κάνει και τις απαραίτητες νομικές διαδικασίες για αλλαγή ονόματος και φύλου. Το άτομο με δυσφορία φύλου δοκιμάζει το ρόλο του φύλου που επιθυμεί να υιοθετήσει και αποφασίζει αν καλύπτει ή όχι τις ανάγκες του. Αυτό μειώνει κατά πολύ την πιθανότητα να μετανιώσει το άτομο για τη χειρουργική επέμβαση που είναι μη αναστρέψιμη. Για λίγα άτομα, η εμπειρία της πραγματικής ζωής ως μέλος του άλλου φύλου καθιστά σαφές ότι ο ρόλος του επιθυμητού φύλου δεν προσφέρει αυτό που ήλπιζαν και εγκαταλείπουν την επιδίωξη αλλαγής φύλου. Ωστόσο, τα περισσότερα άτομα προσαρμόζονται ικανοποιητικά στο ρόλο του επιθυμητού φύλου.
Αν μετά από αρκετούς μήνες, ένα χρόνο ή και περισσότερο, το άτομο έχει προσαρμοστεί ικανοποιητικά στη νέα του ζωή, συνεχίζεται η ορμονοθεραπεία για να τονιστούν τα χαρακτηριστικά του επιθυμητού φύλου. Έτσι, οι άνδρες που θέλουν να γίνουν γυναίκες παίρνουν φάρμακα για να σταματήσει η παραγωγή τεστοστερόνης και οιστρογόνα (θηλυκές ορμόνες) για να αναπτύξουν στήθος, να απαλύνει το δέρμα τους, να μειωθεί η τριχοφυΐα τους και το περίγραμμα του σώματός τους να γίνει πιο γυναικείο. Η μυϊκή δύναμη μειώνεται αλλά ο τόνος της φωνής δεν αλλάζει. Οι γυναίκες που θέλουν να γίνουν άνδρες παίρνουν τεστοστερόνη, η οποία αυξάνει το μέγεθος του σώματος και την τριχοφυΐα, εμποδίζει την εμμηνορρυσία και προκαλεί βάθυνση της φωνής και μείωση του στήθους.
Το τελικό στάδιο είναι η χειρουργική επέμβαση, αφού γίνει αξιολόγηση και από δεύτερο ειδικό πάνω στη δυσφορία φύλου. Για τους (βιολογικούς) άνδρες που επιθυμούν να γίνουν γυναίκες, η κύρια χειρουργική διαδικασία περιλαμβάνει την αφαίρεση του πέους και του οσχέου και επαναχρησιμοποίηση του δέρματος για τη δημιουργία λειτουργικού κόλπου και χειλέων (κολποπλαστική). Σε αυτή τη χειρουργική επέμβαση, η ουρήθρα επανατοποθετείται έτσι ώστε να είναι δυνατή η ούρηση όπως θα τη βίωνε μία (βιολογική) γυναίκα. Δίνεται μεγάλη προσοχή στη διατήρηση των αισθητηριακών νεύρων που βρίσκονται στο δέρμα του πέους ώστε να επανατοποθετηθούν στο εσωτερικό του νέου κόλπου. Υπάρχει δυνατότητα για συνουσία –συνήθως με τη χρήση λιπαντικού- και πολλοί τρανσέξουαλς που από άνδρες έγιναν γυναίκες αναφέρουν ότι μετά την επέμβαση είχαν σεξουαλικές επαφές με σεξουαλική διέγερση και οργασμό. Η ορμονοθεραπεία προκαλεί αρκετή ανάπτυξη στήθους αλλά κάποια άτομα προσθέτουν εμφυτεύματα. Τα υπολείμματα τριχοφυΐας μπορούν να αφαιρεθούν περαιτέρω με ηλεκτρόλυση. Τέλος, υπάρχει η δυνατότητα επιπλέον επέμβασης που θα ανεβάσει τον τόνο της φωνής σε άνδρες που έγιναν γυναίκες.
Για τις (βιολογικά) γυναίκες που επιθυμούν να γίνουν άνδρες, το χειρουργείο συνήθως περιλαμβάνει ολική υστερεκτομή (αφαίρεση των ωοθηκών και της μήτρας) και μαστεκτομή (αφαίρεση του στήθους). Η αλλαγή των γεννητικών οργάνων μπορεί να επιτευχθεί με δύο τρόπους. Μία δυνατότητα είναι η μετα-αιδοιοπλαστική, στην οποία η κλειτορίδα μετατρέπεται σε φαλλό. Συγκεκριμένα, η κλειτορίδα γίνεται ίσια και επιμηκύνεται, μετατοπίζεται ελαφρώς στη θέση που βρίσκεται τυπικά το πέος και η ουρήθρα επανατοποθετείται. Καθώς η κλειτορίδα είναι ομόλογη του πέους και αποτελείται από στυτικό ιστό, το αποτέλεσμα είναι ένας φαλλός ικανός για στύση μέσω σεξουαλικού ερεθισμού. Ωστόσο, το μέγεθος του φαλλού μπορεί να μην επαρκεί για συνουσία επειδή το μήκος του είναι μόνο λίγα εκατοστά. Εάν είναι επιθυμητό ένα μεγαλύτερο πέος, μπορεί να γίνει φαλλοπλαστική, στην οποία δέρμα που έχει παρθεί από άλλες περιοχές του σώματος (π.χ. κοιλιά, περίνεο) μεταμοσχεύεται στη γεννητική περιοχή για τη δημιουργία πέους. Αν και το αποτέλεσμα της φαλλοπλαστικής είναι ένα πολύ μεγαλύτερο πέος, φυσιολογική στύση δεν μπορεί να επιτευχθεί επειδή ο φαλλός αυτός δεν περιέχει στυτικό ιστό. Ωστόσο, υπάρχουν συσκευές και εμφυτεύματα που μπορούν να βοηθήσουν ώστε να προκληθεί τεχνητά στύση καθιστώντας δυνατή τη συνουσία. Και στη μετα-αιδοιοπλαστική και στη φαλλοπλαστική, τα χείλη του αιδοίου συνήθως ενώνονται για τη δημιουργία οσχέου ενώ είναι δυνατή και η τοποθέτηση εμφυτευμάτων όρχεων. Αν στη βάση του χειρουργικά κατασκευασμένου πέους τοποθετηθεί ερωτικά ευαίσθητος ιστός από την κλειτορίδα, είναι δυνατή η βίωση σεξουαλικού ερεθισμού και οργασμού.
Αν και τα στοιχεία που διαθέτουμε είναι περιορισμένα, οι περισσότεροι τρανσέξουαλς (έως και το 90%) που υποβάλλονται στη διαδικασία αλλαγής φύλου δηλώνουν ικανοποιημένοι με τη μετέπειτα ζωή τους. Αυτό ισχύει και για άνδρες και γυναίκες τρανσέξουαλς, με μια ποικιλία χειρουργικών, ορμονικών και ψυχολογικών παρεμβάσεων και όταν το αποτέλεσμα αξιολογείται σε διαφορετικά χρονικά σημεία.
