Δύο από τα πιο κοινά προβλήματα με τον εμμηνορροϊκό κύκλο είναι η δυσμηνόρροια και η αμηνόρροια. Η δυσμηνόρροια αναφέρεται στην επώδυνη εμμηνορρυσία. Το ποιο κοινό σύμπτωμα είναι οι κράμπες, αλλά μερικές γυναίκες βιώνουν επίσης ναυτία, πονοκεφάλους, διάρροια, ζαλάδα, ευερεθιστότητα, αποπροσανατολισμό και κούραση. Η πρωτεύουσα δυσμηνόρροια διαγιγνώσκεται όταν το σώμα παράγει υπερβολικά πολλές προσταγλανδίνες, χημικές ουσίες που προκαλούν πολύ έντονες συσπάσεις της μήτρας. Η δευτερεύουσα δυσμηνόρροια διαγιγνώσκεται όταν μία προϋπάρχουσα ιατρική κατάσταση δημιουργεί επώδυνη περίοδο. Ίσως η πιο κοινή αιτία δευτερεύουσας δυσμηνόρροιας είναι η ενδομητρίωση, μία κατάσταση στην οποία μία γυναίκα έχει ενδομητριακά κύτταρα έξω από τη μήτρα της, συχνά στις ωοθήκες ή στις σάλπιγγες. Αυτά τα κύτταρα αποκρίνονται με τον ίδιο τρόπο όπως τα ενδομητριακά κύτταρα εντός της μήτρας (δηλ. αυξάνονται και αποκολλώνται κατά τη διάρκεια του εμμηνορροϊκού κύκλου). Αν δε θεραπευτεί, η ενδομητρίωση μπορεί να προκαλέσει μόνιμες βλάβες στις αναπαραγωγικές δομές, καταλήγοντας σε στειρότητα.
Η αμηνόρροια συμβαίνει όταν η εμμηνορρυσία απουσιάζει και μπορεί να πάρει δύο μορφές. Η πρωτεύουσα αμηνόρροια υπάρχει όταν ένα έφηβο κορίτσι δεν έχει βιώσει εμμηνορρυσία μέχρι την ηλικία των 16 ετών, συχνά εξαιτίας μιας συγγενούς δυσμορφίας της μήτρας, μία ανισορροπία ορμονών, ή ως αποτέλεσμα μεσοφυλίας (όταν δηλ ένα άτομο γεννιέται με διφορούμενα γεννητικά όργανα, μία κατάσταση που μέχρι πρόσφατα ονομαζόταν ερμαφροδιτισμός). Η δευτερεύουσα αμηνόρροια συμβαίνει όταν μία γυναίκα που έχει ήδη βιώσει τουλάχιστον μία περίοδο εκδηλώσει μία διακοπή στον εμμηνορροϊκό της κύκλο. Αυτό το είδος της αμηνόρροιας συμβαίνει φυσικά στην εγκυμοσύνη, αλλά είναι επίσης φυσιολογική μεταξύ των γυναικών που έχουν πρόσφατα σταματήσει τη λήψη αντισυλληπτικών χαπιών και μεταξύ των μεγαλύτερων γυναικών που πλησιάζουν την εμμηνόπαυση. Η αμηνόρροια είναι επίσης συνηθισμένη μεταξύ αθλητριών καθώς και κοριτσιών που έχουν νευρική ανορεξία.
