Οι δύο ωοθήκες, οι οποίες έχουν περίπου το σχήμα και το μέγεθος αμυγδάλου, βρίσκονται στα άκρα των σαλπίγγων, μία σε κάθε πλευρά της μήτρας. Συνδέονται με τα τοιχώματα της πυέλου και τη μήτρα με συνδέσμους. Οι ωοθήκες είναι ενδοκρινείς αδένες που παράγουν τρία είδη σεξουαλικών ορμονών. Τα οιστρογόνα επηρεάζουν την ανάπτυξη των θηλυκών σωματικών σεξουαλικών χαρακτηριστικών και βοηθούν στη ρύθμιση του εμμηνορροϊκού κύκλου. Η προγεστερόνη επίσης βοηθά στη ρύθμιση του εμμηνορροϊκού κύκλου και προάγει την ωρίμανση του στρώματος της μήτρας σε προετοιμασία για εγκυμοσύνη. Οι ωοθήκες επίσης παράγουν περίπου τη μισή από την τεστοστερόνη της γυναίκας. Γύρω στην έναρξη της εφηβείας οι θηλυκές σεξουαλικές ορμόνες παίζουν κρίσιμο ρόλο στην έναρξη της ωρίμανσης της μήτρας, των ωοθηκών, και του κόλπου και στη ανάπτυξη των δευτερευόντων χαρακτηριστικών του φύλου, όπως το ηβικό τρίχωμα και το στήθος.
Οι ωοθήκες περιέχουν περίπου 1.000.000 ανώριμα ωάρια στη γέννηση και περίπου 400.000-500.000 ωάρια στην έναρξη της περιόδου. Κατά τη διάρκεια των ετών μεταξύ της εφηβείας και της εμμηνόπαυσης, η μία ή η άλλη ωοθήκη τυπικά απελευθερώνει ένα ωάριο σε κάθε εμμηνορροϊκό κύκλο. Μόνο 400 ωάρια είναι προορισμένα για πλήρη ωρίμανση στα αναπαραγωγικά χρόνια μιας γυναίκας. Η ωορρηξία συμβαίνει ως αποτέλεσμα μιας πολύπλοκης αλυσίδας γεγονότων γνωστής ως εμμηνορροϊκός κύκλος.
