Η διάγνωση της δυσφορίας φύλου είναι ουσιαστικά η ίδια στα παιδιά, τους εφήβους, και τους ενήλικες: δυσφορία με το δεδομένο φύλο του ατόμου και επιθυμία του να αλλάξει φύλο. Ωστόσο, τα φαινόμενα είναι διαφορετικά με αρκετούς τρόπους. Πρώτον, η δυσφορία φύλου εμφανίζεται πολύ συχνότερα στα παιδιά από ότι στους ενήλικες (1-2% στα αγόρια, 3-4% στα κορίτσια). Η δυσφορία φύλου στα παιδιά, επομένως, δε φαίνεται να είναι το σχετικά σπάνιο φαινόμενο που εκδηλώνουν οι ενήλικες.
Τι συμβαίνει στα πολλά παιδιά που εκδηλώνουν την επιθυμία να αλλάξουν φύλο στην παιδική ηλικία αλλά δε γίνονται ενήλικοι τρανσέξουαλς; Τα ερευνητικά ευρήματα υποδηλώνουν ότι η πλειοψηφία των παιδιών με δυσφορία φύλου δε γίνονται ενήλικες με δυσφορία φύλου όταν μεγαλώνουν, αν και δεν είναι σαφές για ποιο λόγο συμβαίνει αυτό. Επίσης κάποια από αυτά τα παιδιά ως ενήλικες εκδηλώνουν ομοφυλοφιλικό σεξουαλικό προσανατολισμό.
Μερικοί σεξολόγοι υποστηρίζουν ότι εφόσον η ταυτοποίηση με το άλλο φύλο παρουσιάζεται συχνά στο ιστορικό των ομοφυλόφιλων ανδρών και γυναικών, αντιπροσωπεύει ένα φυσιολογικό αναπτυξιακό μονοπάτι για πολλούς ανθρώπους, παρά μια διαταραχή. Πιστεύουν ότι η ταμπέλα της διαταραχής δυσφορίας φύλου παθολογικοποιεί και στιγματίζει τα παιδιά που δε συμμορφώνονται με τη συμπεριφορά που υπαγορεύει το φύλο τους. Αυτό το επιχείρημα είναι σημαντικό, καθώς όπως προαναφέρθηκε, το φαινόμενο δεν είναι ασυνήθιστο στα παιδιά. Ωστόσο, είναι, επίσης, σαφές ότι η δυσφορία φύλου στα παιδιά προκαλεί συχνά άγχος και στα παιδιά και στις οικογένειές τους. Θα πρέπει να υπάρχει διαθέσιμη θεραπεία για τέτοιες οικογένειες, έστω και μόνο για να τους βοηθήσει να αποδεχτούν το παιδί τους ως διαφορετικό.
Ένα σχετικό ερώτημα είναι εάν τα παιδιά μεγαλώνοντας απλώς ξεπερνούν τη δυσφορία με το φύλο τους ή εάν πρώιμες παρεμβάσεις όντως εμποδίζουν την ανάπτυξη της διαταραχής ως ενήλικες. Μια μεγάλη ποικιλία παρεμβάσεων έχει χρησιμοποιηθεί στη θεραπεία της δυσφορίας φύλου στα παιδιά, όπως συμπεριφορική, ψυχοδυναμική, ομαδική και οικογενειακή θεραπεία. Μεγάλος αριθμός παιδιών επιλύουν με επιτυχία τη διαταραχή. Τα παιδιά δε θα έπρεπε να υποβάλλονται σε ορμονικές ή χειρουργικές παρεμβάσεις με σκοπό την αλλαγή φύλου, αλλά μάλλον θα έπρεπε να προσφέρεται ψυχολογική θεραπεία για να βοηθήσει την προσαρμογή του παιδιού και της οικογένειας.
Σύμφωνα με κάποιες έρευνες, τα παιδιά (και αγόρια και κορίτσια ηλικίας 6-11 ετών) με δυσφορία φύλου είναι πιο πιθανό να εκδηλώσουν προβλήματα ψυχικής υγείας σε σχέση με τα παιδιά χωρίς δυσφορία φύλου, κυρίως επειδή εσωτερικεύουν τα συμπτώματα. Δεν είναι σαφές αν η σχετιζόμενη ψυχοπαθολογία είναι απόρροια, αιτία, ή άσχετη από τη δυσφορία φύλου. Ωστόσο, υποδηλώνεται ότι αυτά τα παιδιά χρειάζονται και θα ωφεληθούν από ψυχολογικές παρεμβάσεις, είτε αυτές εστιάζουν στη δυσφορία φύλου είτε όχι.
Τα προβλήματα με τη δυσφορία φύλου στην εφηβεία δεν επιλύνονται ή ξεπερνιούνται το ίδιο εύκολα. Η δυσφορία φύλου σε αυτή την περίοδο, ειδικά στην ύστερη εφηβεία, μοιάζει με τις ενήλικες μορφές της διαταραχής περισσότερο παρά με τις παιδικές. Κατά τη διάρκεια της εφηβείας, οι ειδικοί επίσης αρχίζουν να βλέπουν ένα διαφορετικό φαινόμενο, το οποίο είναι ο τρανσβεστισμός, ή σεξουαλική διέγερση όταν ντύνονται με ρούχα του άλλου φύλου.
Ορμονικές παρεμβάσεις δε θα έπρεπε να γίνονται πριν την ηλικία των δεκαέξι ετών. Επίσης, οποιαδήποτε χειρουργική επέμβαση με στόχο τον επαναπροσδιορισμό του φύλου καλό θα ήταν να γίνεται μόνο μετά την ηλικία των δεκαοχτώ και αφού το άτομο έχει ζήσει στο ρόλο του επιθυμητού φύλου για τουλάχιστον δύο χρόνια. Ωστόσο, σήμερα θεωρείται αρμόζουσα η χρήση ορμονών που καθυστερούν την πορεία της εφηβείας στους εφήβους, με σκοπό να τους δοθεί χρόνος για να πάρουν μια απόφαση σχετικά με την επίλυση της δυσφορίας φύλου πριν γίνουν έντονα τα εξωτερικά ανατομικά χαρακτηριστικά της εφηβείας.
