Είναι σημαντικό για τους άνδρες να φροντίζουν κατάλληλα τα γεννητικά τους όργανα όχι μόνο επειδή είναι ευαίσθητα, αλλά κι επειδή είναι συχνά περιοχές μόλυνσης και άλλων πιθανών προβλημάτων υγείας. Αρχικά, η τακτική καθαριότητα των γεννητικών οργάνων που συμπεριλαμβάνει απαλό τράβηγμα της ακροποσθίας – το κομμάτι του δέρματος που καλύπτει τη βάλανο - προς τα πίσω και πλύσιμο όλων των επιφανειών, ιδιαίτερα της κάτω πλευράς της ακροποσθίας μπορεί να εμποδίσει τη συσσώρευση σμήγματος σε άνδρες που δεν έχουν υποστεί περιτομή. Το σμήγμα είναι μία τυρώδης ουσία που δημιουργείται από τη συσσώρευση λιπαρών εκκρίσεων που παράγονται από αδένες στην ακροποσθία σε συνδυασμό με νεκρά κύτταρα του δέρματος. Μερικοί ειδικοί της ιατρικής κοινότητας έχουν επίσης υποστηρίξει ότι το πλύσιμο των γεννητικών οργάνων ενός ατόμου πριν και μετά το σεξ μπορεί να μειώσει την πιθανότητα μετάδοσης ορισμένων μολύνσεων, αλλά οι έρευνες σε αυτή την περιοχή έχουν παρουσιάσει μειχτά αποτελέσματα και το τακτικό πλύσιμο δεν είναι σε καμία περίπτωση υποκατάστατο για πρακτική ασφαλέστερου σεξ (δηλ. χρήση προφυλακτικού). Δεύτερον, η τακτική αυτό-εξέταση του πέους και του όσχεου μπορεί να αποκαλύψει σημάδια σεξουαλικώς μεταδιδόμενων νοσημάτων (ΣΜΝ) και καρκίνου. Αναφερόμαστε περισσότερο στα πιθανά σημάδια μόλυνσης στα άρθρα σχετικά με τα ΣΜΝ. Όσον αφορά στα σημάδια για καρκίνο, ο άνδρας χρειάζεται να ελέγχει για οποιουδήποτε είδους εξογκώματα ή μάζες σε καθέναν από τους όρχεις μία φορά το μήνα. Αυτό μπορεί να γίνει με απαλή περιστροφή κάθε όρχεως μεταξύ του αντίχειρα και του δείκτη. Η επιφάνεια θα πρέπει να είναι ομαλή στο άγγιγμα, εκτός από την επιδιδυμίδα, η οποία κρέμεται πάνω από το πίσω μέρος κάθε όρχεως. Χρειάζεται επίσης να γίνει έλεγχος για πληγές ή όγκους στον κορμό και τη βάλανο (κεφάλι) του πέους. Οποιαδήποτε στιγμή εντοπιστεί κάτι από αυτά, είναι σημαντικό να γίνει ιατρικός έλεγχος, ακόμα κι αν ο άνδρας δε βιώνει πόνο. Πολλά από τα πρώιμα σημάδια και συμπτώματα του καρκίνου των όρχεων και του πέους είναι εντελώς ανώδυνα, αλλά μπορούν να εξελιχτούν σε σοβαρά προβλήματα και πιθανώς να γίνουν θανατηφόρα αν μείνουν χωρίς θεραπεία. Ευτυχώς, τα ποσοστά επιβίωσης και για τα δύο αυτά είδη καρκίνου είναι υψηλά αν ανιχνευτούν και αντιμετωπιστούν νωρίς.
Τέλος, είναι σημαντικό οι σύντροφοι να είναι προσεχτικοί με το πέος κατά τη διάρκεια της σεξουαλικής δραστηριότητας. Για παράδειγμα, αν και δεν υπάρχουν οστά στο ανθρώπινο πέος, θα πρέπει να γνωρίζουμε ότι τα «κατάγματα» ενός πέους σε στύση στη σεξουαλική δραστηριότητα εξακολουθούν να είναι πιθανά. Αυτό που γίνεται σε αυτές τις περιπτώσεις είναι μία ρήξη των σηραγγωδών σωμάτων του πέους εξαιτίας ενός είδους απότομου τραύματος (π.χ. όταν ο άνδρας προσπαθεί να διεισδύσει με πολύ έντονες κινήσεις και χάσει το στόχο). Τα κατάγματα πέους συνήθως αναφέρεται ότι είναι πολύ επώδυνα και υπάρχει πιθανότητα να καταλήξουν δε δυσμορφία και σεξουαλική δυσλειτουργία. Ωστόσο, αν γίνει η κατάλληλη θεραπεία, η ομαλή λειτουργά μπορεί να επιστρέψει. Είναι επίσης σημαντικό για τους άνδρες να προσέχουν πολύ όταν εισάγουν το πέος τους σε οποιοδήποτε είδος σεξουαλικού βοηθήματος. Χρειάζεται επίσης προσοχή με τα «δαχτυλίδια/δακτύλιοι πέους». Αυτά είναι κυκλικά κομμάτια από λάστιχο ή μέταλλο που σφίγγουν γερά τη βάση του πέους, με στόχο την πρόκληση στύσης που είναι πιο πλήρης και έχει μεγαλύτερη διάρκεια. Αν γίνει χρήση τέτοιου δαχτυλιδιού, συνιστάται να μη φορεθεί για περισσότερο από 30 λεπτά τη φορά, διαφορετικά μπορεί να προκληθεί θάνατος στους ιστούς του πέους με αποτέλεσμα μόνιμη στυτική δυσλειτουργία. Επομένως, ένας άνδρας δε θα έπρεπε να φορέσει ένα τέτοιο δαχτυλίδι πριν βγει για να πάει σε ένα μπαρ ή να αποκοιμηθεί φορώντας το.
