Μερικά σεξουαλικώς μεταδιδόμενα νοσήματα (ΣΜΝ) προκαλούνται από ιούς αντί βακτήρια, και αυτά τείνουν να είναι τα πιο ανησυχητικά επειδή, σε αντίθεση με τις βακτηριακές μολύνσεις, τα ιογενή ΣΜΝ δεν μπορούν να θεραπευθούν. Ως αποτέλεσμα, οι ιογενείς λοιμώξεις είναι πολύ πιο διαδεδομένες και πολύ πιο δύσκολο να εξαλειφθούν. Το πιο κοινό ιογενές ΣΜΝ (και επίσης η πιο κοινή σεξουαλική μόλυνση γενικά) είναι ο ιός human papilloma virus (HPV), ο οποίος προσβάλλει τουλάχιστον 6 εκατομμύρια ανθρώπους στις Ηνωμένες Πολιτείες κάθε χρόνο. Ο HPV μεταδίδεται μέσω της σεξουαλικής δραστηριότητας και της δερματικής επαφής. Είναι δυνατό να μεταδοθεί ο ιός ακόμα και όταν γίνεται ασφαλές σεξ επειδή ο ιός μπορεί να βρίσκεται σε περιοχές του δέρματος που δεν προστατεύονται από προφυλακτικά. Οι περισσότεροι άνθρωποι που έχουν HPV δεν το συνειδητοποιούν επειδή υπάρχουν πάνω από εκατό διαφορετικά είδη του ιού και μόνο λίγα από αυτά προκαλούν εμφανή συμπτώματα, από τα οποία τα πιο αξιοσημείωτα είναι τα γεννητικά κονδυλώματα. Στις γυναίκες τα κονδυλώματα εμφανίζονται συνήθως στο κάτω μέρος του κολπικού ανοίγματος. Μπορούν επίσης να εκδηλωθούν στο περίνεο, τα χείλη του αιδοίου, τα εσωτερικά κολπικά τοιχώματα, και τον τράχηλο. Στους άνδρες τα κονδυλώματα συνήθως εμφανίζονται στη βάλανο του πέους, την ακροποσθία, ή στον κορμό τους πέους. Τα κονδυλώματα μπορούν επίσης να εμφανιστούν στον πρωκτό και των δύο φύλων. Στις υγρές περιοχές Ιόπως το άνοιγμα του κόλπου και κάτω από την ακροποσθία) τα κονδυλώματα είναι ροζ ή κόκκινα και μαλακά, και μοιάζουν με κουνουπίδι. Σε ξηρές δερματικές περιοχές είναι γενικά σκληρά και γκριζοκίτρινα.
Ένα υγιές ανοσοποιητικό σύστημα συχνά καταπνίγει τον ιό, και οι περισσότεροι μολυσμένοι άνθρωποι με μία αποτελεσματική ανοσοποιητική αντίδραση θα γίνουν HPV-αρνητικοί σε 6-24 μήνες μετά το αρχικό θετικό τεστ για τον ιό. Ωστόσο, δεν είναι σαφές εάν ο ιός εξαλείφεται ή απλώς καταπιέζεται σε μη ανιχνεύσιμα επίπεδα.
Ο HPV έχει απασχολήσει πολύ την ιατρική κοινότητα εξαιτίας ερευνών που υποδηλώνουν ότι οι προχωρημένες μολύνσεις από τον ιό συνδέονται με αυξημένο ρίσκο καρκίνου του τραχήλου, του πρωκτού και του λαιμού. Αν και δεν υπάρχει θεραπεία για τον HPV, υπάρχει ένα εμβόλιο (Gardasil) που έχει εγκριθεί για χρήση και στους άνδρες και στις γυναίκες μεταξύ των ηλικιών 9 και 26, το οποίο μπορεί να προστατεύσει από τις πιο επικίνδυνες μορφές του ιού (δηλαδή αυτές που σχετίζονται με τα κονδυλώματα και τον καρκίνο). Οι προσπάθειες για να γίνει υποχρεωτικό το εμβόλιο για τους εφήβους στις Ηνωμένες Πολιτείες έχουν συναντήσει ισχυρή αντίσταση από ορισμένες πολιτικές και θρησκευτικές ομάδες, με κάποιους να υποστηρίζουν ότι τέτοια εμβόλια θα δώσουν την «άδεια» στα παιδιά να συμπεριφέρονται σεξουαλικά ως ενήλικες. Ωστόσο, οι έρευνες που έχουν γίνει σε κορίτσια που έχουν κάνει το εμβόλιο έχουν βρει ότι δεν έχουν περισσότερους σεξουαλικούς συντρόφους από ότι τα κορίτσια που δεν κάνουν το εμβόλιο.
