Η εξελικτική θεωρία φαίνεται ότι θα δυσκολευόταν να εξηγήσει την ύπαρξη της ομοφυλοφιλίας, δεδομένου ότι η σεξουαλική δραστηριότητα με το ίδιο φύλο δεν ενισχύει τις πιθανότητες ενός ατόμου για αναπαραγωγική επιτυχία. Παρ’ όλ’ αυτά, άλλοι έχουν υποστηρίξει ότι η ομοφυλοφιλία μπορεί να είναι προσαρμοστική με ένα μη εμφανή τρόπο. Για παράδειγμα, η υπόθεση που έχει γίνει γνωστή ως ο «γκέι θείος» αναπτύχθηκε αρκετές δεκαετίες νωρίτερα και υποστηρίζει ότι οι άνθρωποι οι οποίοι δε δημιουργούν απαραίτητα δικούς τους γενετικούς απογόνους μπορεί να ενισχύουν την επιβίωση των γονιδίων της οικογένειάς τους παρέχοντας πόρους στα παιδιά των συγγενών τους. Η βιωσιμότητα αυτής της υπόθεσης είναι αμφισβητούμενη, δεδομένου ότι η ομοφυλοφιλία είναι από παλιά μία κοινωνικά στιγματισμένη συμπεριφορά. Αν ήταν προσαρμοστική συμπεριφορά με την έννοια αυτής της υπόθεσης, θα περίμενε ίσως κανείς ότι η ομοφυλοφιλία θα απολάμβανε κοινωνικής εκτίμησης και δε θα ήταν περιθωριοποιημένη.
Μία πιο πρόσφατη εξελικτική εξήγηση προτείνει ότι η ανδρική ομοφυλοφιλία μπορεί να είναι υποπροϊόν της υψηλής θηλυκής γονιμότητας. Πιο συγκεκριμένα, μερικές μελέτες έχουν βρει ότι οι θηλυκοί συγγενείς των ομοφυλόφιλων ανδρών από την πλευρά της μητέρας τους τείνουν να έχουν σημαντικά περισσότερους απογόνους από ότι οι αντίστοιχοι συγγενείς των ετεροφυλόφιλων ανδρών. Δεν έχει βρεθεί παρόμοιο μοτίβο για τους συγγενείς του πατέρα. Τα αποτελέσματα τέτοιων ερευνών υποδηλώνουν ότι η μεγαλύτερη θηλυκή γονιμότητα συσχετίζεται με μεγαλύτερη πιθανότητα απόκτησης ομοφυλόφιλων παιδιών. Μερικοί έχουν ισχυριστεί ότι η αυξημένη γονιμότητα θα αποζημίωνε και με το παραπάνω για το γεγονός ότι δε θα κατέληγαν όλα τα παιδιά σε αυτό το γενετικό πληθυσμό να δημιουργήσουν τους δικούς τους απογόνους. Αν αυτό όντως αληθεύει, θα πρόσφερε μία πιστευτή εξελικτική εξήγηση σχετικά με το λόγο για τον οποίο η ομοφυλοφιλία, τουλάχιστον στους άνδρες, έχει επιμείνει στην πάροδο του χρόνου.
Εξελικτικές εξηγήσεις για τη γυναικεία ομοφυλοφιλία είναι πιο δύσκολο να βρεθούν, αλλά μία τέτοια εξήγηση είναι η υπόθεση των «άλλων γονέων» (alloparenting hypothesis). Αυτή η υπόθεση υποστηρίζει ότι οι γυναίκες έχουν αναπτύξει μία «ευέλικτη» σεξουαλικότητα η οποία μπορεί να μετακινείται μεταξύ της έλξης από άνδρες και της έλξης από γυναίκες. Πιστεύεται ότι μία τέτοια ευελιξία ήταν προσαρμοστική για τους θηλυκούς προγόνους μας, επειδή όταν ο πατέρας των παιδιών τους δεν ήταν παρών (π.χ. πέθαινε) ή δε συνέβαλε αρκετά στην ανατροφή των παιδιών (π.χ. έκανε άλλη σχέση), ένας τρόπος διασφάλισης της βοήθειας και των πόρων που ήταν απαραίτητοι για το επιτυχές μεγάλωμα των παιδιών ήταν το ξεκίνημα μιας σχέσης με μία άλλη γυναίκα. Φυσικά, αυτή η υπόθεση είναι περιορισμένη με την έννοια ότι δεν μπορεί να προσφέρει μία εξήγηση για τη θηλυκή ομοφυλοφιλική συμπεριφορά που εκδηλώνεται έξω από το πλαίσιο της ανατροφής τέκνων.
