Το φύλο είναι το έδαφος πάνω στο οποίο αναπτύσσεται η σεξουαλικότητα. Η διαμόρφωση της φυλετικής ταυτότητας του ατόμου είναι μια πολύπλοκη διαδικασία, η οποία επηρεάζεται από πολλούς παράγοντες. Οι περισσότεροι άνθρωποι υποθέτουν ότι οι ποικίλες πλευρές του φύλου και της σεξουαλικότητας αναπτύσσονται προβλέψιμα. Συγκεκριμένα, θεωρείται γενικά ότι το γενετικό φύλο καθορίζει τις σωματικές/ανατομικές πλευρές του φύλου, κάτι που οδηγεί σε ένα αδιαμφισβήτητα καθορισμένο φύλο, καταλήγοντας σε συμπεριφορά και ταυτότητα φύλου που είναι συνεπείς με το γενετικό φύλο, έλξη από το αντίθετο φύλο, και τέλος, μια σεξουαλική απόκριση χωρίς προβλήματα κατά τη διάρκεια κοινωνικά αποδεκτής σεξουαλικής συμπεριφοράς.
Ωστόσο, οι ειδικοί της ψυχικής υγείας που ασχολούνται με σεξουαλικές δυσκολίες, όπως οι σεξολόγοι, γνωρίζουν ότι αυτή η ανάπτυξη παρουσιάζει τυπικές και μη διαφοροποιήσεις. Για παράδειγμα, γενετικές ποικιλομορφίες μπορεί να οδηγήσουν σε καταστάσεις που μπορεί να τροποποιήσουν τη φυλετική και σεξουαλική ανάπτυξη (π.χ. τα σύνδρομα Turner και Klinefelter). Η εμβρυική ανάπτυξη μπορεί να καταλήξει σε εμφάνιση ή συμπεριφορά μη συνεπή με το φύλο (π.χ. σύνδρομο αναισθησίας στα ανδρογόνα). Ποικίλες γενετικές ή εμβρυικές αναπτυξιακές διαφοροποιήσεις μπορεί να οδηγήσουν σε ασάφεια ή σύγχυση σχετικά με το φύλο που έχει δοθεί (π.χ. διεμφυλικές καταστάσεις). Η σεξουαλική έλξη ενός ατόμου μπορεί, μεταξύ άλλων, να είναι κυρίως προς άτομα του ίδιου φύλου ή προς μη κατάλληλους ανθρώπους ή αντικείμενα (π.χ. παιδοφιλία ή φετιχισμός).
Μερικές φορές η εσωτερική αίσθηση ενός ατόμου για το φύλο του δεν ταιριάζει με το γενετικό του φύλο, το σώμα του, ή το φυλετικό του ρόλο. Ο σεξολόγος μπορεί να συναντήσει σήμερα ένα τεράστιο εύρος ατόμων με μεγάλη ποικιλομορφία σχετικά με το φύλο τους, όπως τρανσέξουαλς, τραβεστί, ομοφυλόφιλους, άτομα που νιώθουν ότι ανήκουν σε ένα τρίτο φύλο, άτομα που προτιμούν την παρενδυσία (δηλαδή το ντύσιμο με ρούχα του άλλου φύλου), κ.ά. Η φράση «φυλομεταβατική ή διεμφυλική/υπερφυλική εμπειρία» χρησιμοποιείται για να αναφερθεί στους πολλούς διαφορετικούς τρόπους που τα άτομα μπορεί να βιώνουν μια ταυτότητα φύλου έξω από τις απλές κατηγορίες του αρσενικού ή του θηλυκού. Θα πρέπει να σημειωθεί ότι υπάρχουν πολλά άτομα που έχουν αναμείξει τα φύλα τους με κάποιο τρόπο, τα οποία δεν αναζητούν ποτέ θεραπεία, και τα οποία μπορεί να νιώθουν πολύ άνετα με τη μη τυπική ταυτότητα του φύλου τους.
Άτομα που αναζητούν μερικές φορές τη βοήθεια του σεξολόγου είναι οι τρανσέξουαλς. Ένας/μία τρανσέξουαλ είναι το άτομο του οποίου η ταυτότητα φύλου έρχεται σε αντίθεση με το βιολογικό του/της φύλο. Αυτοί οι άνθρωποι νιώθουν παγιδευμένοι στο σώμα του «λάθους» φύλου, μία κατάσταση που είναι γνωστή ως δυσφορία φύλου ή τρανσεξουαλισμός. Επομένως, ένας ανατομικά αρσενικός τρανσέξουαλ αισθάνεται ότι αυτή είναι γυναίκα, η οποία, από ένα γύρισμα της τύχης, γεννήθηκε με ανδρικά γεννητικά όργανα και που θέλει να αναγνωρίζεται κοινωνικά ως γυναίκα. Πολλοί τρανσέξουαλς υφίστανται διαδικασίες επαναπροσδιορισμού του φύλου, όπως ορμονοθεραπεία και χειρουργική επέμβαση αλλαγής φύλου. Ωστόσο, κάποια άτομα μπορεί να επιθυμούν μερικές πλευρές μόνο του άλλου φύλου (π.χ. εξωτερική εμφάνιση) και όχι απαραίτητα ολικό επαναπροσδιορισμό του φύλου.
Πριν από την επέμβαση αλλαγής φύλου, οι περισσότεροι τρανσέξουαλς έλκονται ερωτικά από άτομα του ίδιου ανατομικού φύλου αλλά με διαφορετική ταυτότητα φύλου. Επομένως, ένας τρανσέξουαλ με γυναικεία ταυτότητα φύλου, που αισθάνεται παγιδευμένος στο σώμα ενός άνδρα (και πιθανότατα αναγνωρίζεται από την κοινωνία ως άνδρας), πιθανώς να έλκεται από άνδρες. Με άλλα λόγια, έχει ετεροφυλικό σεξουαλικό προσανατολισμό με βάση το δικό της αυτοπροσδιορισμό ως γυναίκα. Αν δράσει με βάση τις σεξουαλικές της επιθυμίες πριν την επέμβαση αλλαγής φύλου, μπορεί λανθασμένα να θεωρηθεί ομοφυλόφιλο άτομο. Όσον αφορά το σεξουαλικό προσδιορισμό μετά την εγχείριση αλλαγής φύλου, σχεδόν όλοι οι τρανσέξουαλς που από γυναίκες έγιναν άνδρες επιθυμούν για σεξουαλικούς συντρόφους τους γυναίκες. Οι τρανσέξουαλς που από άνδρες έγιναν γυναίκες μπορούν να έλκονται σεξουαλικά από οποιοδήποτε φύλο, με τους περισσότερους να επιλέγουν άνδρες για σεξουαλικούς τους συντρόφους. Πρέπει να σημειωθεί ότι οι περισσότεροι τρανσέξουαλς που επιδιώκουν να αλλάξουν φύλο έχουν κυρίως ως κίνητρο την επιθυμία να επιλύσουν τη σύγκρουση της φυλετικής ταυτότητας που βιώνουν παρά να αυξήσουν την ελκυστικότητά τους για τους επιθυμητούς τους συντρόφους.
Είναι δύσκολο να ορίσουμε το πόσο διαδεδομένη είναι η δυσφορία φύλου στον ενήλικο πληθυσμό δεδομένου του στίγματος που τη συνοδεύει. Σύμφωνα με κάποιες μελέτες υπολογίζεται ότι ένας στους 11.000 άνδρες (0,009%) και μία στις 30.000 γυναίκες (0,003%) αναζητούν θεραπεία για δυσφορία φύλου. Φαίνεται, επίσης, ότι ο αριθμός των ατόμων που παρουσιάζονται στη θεραπεία με δυσφορία φύλου αυξάνεται με τον καιρό. Ωστόσο, αυτοί οι αριθμοί υποεκτιμούν σημαντικά τον αριθμό των ατόμων που βιώνουν κάποια μορφή δυσφορίας φύλου, επειδή η πλειοψηφία τέτοιων ατόμων δεν επιδιώκει θεραπεία.
