Υπάρχουν πολλοί βιολογικοί παράγοντες που μπορούν να βλάψουν τη σεξουαλική λειτουργία ή να προκαλέσουν πόνο κατά τη διάρκεια του σεξ, συμπεριλαμβανομένων της φυσιολογικής διαδικασίας της γήρανσης, των σωματικών αναπηριών, των σεξουαλικώς μεταδιδόμενων νοσημάτων (ΣΜΝ) και των φαρμάκων. Καθώς μεγαλώνουν, οι περισσότεροι άνθρωποι θα βιώσουν μειώσεις στη σεξουαλική λειτουργικότητα επειδή τα σώματα και τα επίπεδα ορμονών αλλάζουν. Επιπλέον, όσο μεγαλώνει ένα άτομο, τόσο πιθανότερο είναι να αναπτύξει χρόνιες ασθένειες. Αυτές συμπεριλαμβάνουν παθήσεις του καρδιαγγειακού και νευρικού συστήματος, οι οποίες είναι ιδιαιτέρως πιθανό να επηρεάσουν αρνητικά τη σεξουαλική λειτουργικότητα. Για παράδειγμα, ο διαβήτης (μία νόσος που προοδευτικά βλάπτει τα αιμοφόρα αγγεία και εμποδίζει τη σωστή κυκλοφορία του αίματος) είναι σημαντικός παράγοντας που συμβάλλει στη στυτική δυσλειτουργία. Ο διαβήτης μπορεί επίσης να συμβάλει σε σεξουαλικές δυσκολίες στις γυναίκες μειώνοντας τη ροή του αίματος στην κλειτορίδα και τον κόλπο. Επιπροσθέτως, η πολλαπλή σκλήρυνση (μία ασθένεια που βλάπτει τις νευρικές ίνες σε όλο το κεντρικό νευρικό σύστημα, και άρα διακόπτει τις νευρικές ώσεις) συχνά προκαλεί αλλαγές στην ευαισθησία των γεννητικών οργάνων και μπορεί να μειώσει την ικανότητα για οργασμό.
Ποικίλα είδη καρκίνου επίσης συνδέονται με σεξουαλικά προβλήματα, αν και μερικές φορές η θεραπεία του καρκίνου βλάπτει περισσότερο τη σεξουαλικότητα από ότι ο ίδιος ο καρκίνος. Για παράδειγμα, η χειρουργική θεραπεία για τον καρκίνο του στήθους, του πέους, και των όρχεων τείνει να αλλάζει το σώμα με πολύ εμφανείς τρόπους και συχνά δημιουργεί θέματα αυτοεικόνας. Παρομοίως, η εγχείριση για καρκίνο του προστάτη συχνά καταλήγει σε δυσκολίες στύσης και εκσπερμάτισης, γεγονός που δεν προκαλεί έκπληξη δεδομένου του ρόλου του προστάτη στην ανδρική σεξουαλική λειτουργία.
Αναφορικά με τις αναπηρίες, οι τραυματισμοί στη σπονδυλική στήλη συνδέονται με δυσκολίες στύσης και εκσπερμάτισης στους άνδρες και συχνά βλάπτουν την ικανότητα για οργασμό στις γυναίκες. Ωστόσο, σε αντίθεση με την κοινή πεποίθηση, οι μόνιμες σεξουαλικές δυσκολίες όπως αυτές δε μειώνουν απαραίτητα τη σεξουαλική επιθυμία ούτε καθιστούν αδύνατη τη βίωση μίας ικανοποιητικής σεξουαλικής ζωής. Ο επαναπροσδιορισμός του τι είναι το σεξ και/ή η δημιουργία δευτερογενών ερωτογενών ζωνών μπορεί να βοηθήσει τα άτομα με σωματικές αναπηρίες να αναπτύξουν και να διατηρήσουν σεξουαλικές σχέσεις.
Τα ΣΜΝ που δεν έχουν θεραπευτεί όπως τα χλαμύδια και η γονόρροια μπορούν να εξελιχτούν σε φλεγμονώδη νόσο της πυέλου στις γυναίκες, μία κατάσταση που μπορεί να οδηγήσει σε επώδυνη συνουσία και να μειώσει την ικανότητα για οργασμό. Επιπλέον, αρκετά φάρμακα έχουν αρνητικές σεξουαλικές παρενέργειες. Πολλά αντικαταθλιπτικά τείνουν να καθυστερούν τον οργασμό στους άνδρες και τις γυναίκες επειδή κρατούν τη σεροτονίνη στον εγκέφαλο για μεγαλύτερο διάστημα. Άλλα ψυχιατρικά φάρμακα όπως τα αντιψυχωτικά και τα ηρεμιστικά έχουν επίσης νευρολογικές συνέπειες που μπορούν να βλάψουν την ικανότητα για οργασμό. Αρνητικές σεξουαλικές συνέπειες έχουν αναφερθεί και από τη χρήση κάποιων φαρμάκων για την πίεση και τις αλλεργίες. Τέλος, το αλκοόλ, ο καπνός, και άλλα ναρκωτικά ουσίες μπορούν όχι μόνο να δημιουργήσουν επεισοδιακά σεξουαλικά προβλήματα, αλλά η μακρόχρονη χρήση αυτών των ουσιών μπορεί να προκαλέσει χρόνια σεξουαλική δυσλειτουργία. Για παράδειγμα, ο χρόνιος αλκοολισμός συνδέεται με προβλήματα χαμηλής σεξουαλικής επιθυμίας, διέγερσης και οργασμού. Παρομοίως, οι άνδρες που καπνίζουν για χρόνια βρίσκονται σε αυξημένο ρίσκο στυτικών δυσκολιών εξαιτίας των βλαπτικών αποτελεσμάτων της νικοτίνης στα αιμοφόρα αγγεία του σώματος. Τέλος, η χρόνια χρήση κοκαΐνης, οπιούχων, και άλλων τέτοιων ναρκωτικών μπορεί να αναστείλει τη σεξουαλική διέγερση και ανταπόκριση.
